Мишустину 53 года, он родился в Москве. Окончил Московский станкоинструментальный институт (СТАНКИН) по специальности «системы автоматизированного проектирования». Он доктор экономических наук.
В 90-е Мишустин был директором тестовой лаборатории Международного компьютерного клуба, а затем заместителем гендиректора клуба и председателем его правления. В августе 1998 года Мишустин начал карьеру чиновника. Он стал заместителем руководителя Государственной налоговой службы, которая затем была реформирована в Министерство по налогам и сборам. В 2004-2006 годах возглавлял Федеральное агентство кадастра объектов недвижимости, а в 2007-2008-м — Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами.
В марте 2008 года Мишустин ушел в бизнес и стал президентом группы компаний UFG, которая занималась управлением активами и прямыми инвестициями.
Федеральную налоговую службу Мишустин возглавил в апреле 2010 года, на этот пост его назначил Путин, занимавшим тогда кресло премьер-министра. Газета «Ведомости» называла его протеже Алексея Кудрина, который тогда был министром финансов.
Мишустин возглавил ФНС состоятельным человеком. По декларации за 2009 года его доход составил 78,6 млн рублей. Больше среди российских чиновников заработали тогда только советник президента Леонид Рейман (93 млн рублей), а также министр природных ресурсов и экологии Юрий Трутнев (155,1 млн рублей). За 2018 год Мишустин заработал, согласно его декларации, 19 млн рублей. Его супруга — 48 млн рублей. У семьи в собственности квартира площадью 141 кв метр и автомобиль Ford Cougar, зарегистрированный на жену. Супруга Мишустина в 2016-м году вошла в список самых богатых жен чиновников Forbes, заняв 9-е место с доходом в 160,1 млн рублей. Она работала в одной из структур UFG, где и работал до возвращения в налоговую Мишустин.
При Мишустине ФНС провела реформу налоговой службы: ввела автоматизированную информационную систему «Налог-3», которая объединила все функции налоговой службы. Также на его счету — реформа кассовых аппаратов и снижение числа выездных налоговых проверок на 34,4% — проверяются только два налогоплательщика из тысячи, а в малом бизнесе — один из 5 тысяч.В апреле 2019 года на Форуме по налоговому администрированию ОЭСР (FTA) глава FTA и налоговой службы Норвегии Ханс Христиан Хольте заявил о том, что российская налоговая — мировой лидер по цифровизации налоговой сферы.